本區名茄萣，「萣」字為康熙字典中所無，係新造文字。關於本區地名之緣起，至少有三種說法：
源於大陸地名之移植
根據「薛氏族譜」記載薛氏開臺始祖，係福建長泰縣山重村人名薛玉進(玉晉) 。薛氏於康熙元年移民臺灣安平，康熙四年病逝該地。翌年，薛氏之妻林氏攜二子遷居今茄萣之地，漁耕為生及以薛氏在長泰山重的祖業田「茄埕」命名所居之地，以示不忘祖業。至今長泰縣山重村之「茄埕田」猶在，且有「頂茄埕」與「下茄埕」之分。
源於平埔族名稱
另有一說：此地古昔原為平埔族聚居之地，「茄萣」地名係由平埔族語："Catia"音譯而來。
源於植物名
臺灣通史虞衡志：「茄萣：生海濱，本可為薪。皮色赭，以染網。安邑有茄萣莊。」茄萣樹原稱茄藤仔，亦稱海茄苳或海茄冬，為紅樹林(Mangrove)之一種。紅樹林為一種被子植物，常分布於熱帶或亞熱帶地區風浪平靜之海岸，而鹹水、淡水交會且泥砂淤積之處尤為多見。
臺灣北岸、西岸的河口附近及瀉湖海岸多有生長。臺灣的紅樹林植物計有水筆仔、海茄苳、紅茄苳、五跤梨、細蕊紅樹、欖李等六種，本區沿海的紅樹林多為海茄苳。
茄藤仔亦即海茄苳，學名為Avicennia marina (Forsk) Vierh，屬被子植物馬鞭草科(Verbenaceae) 。為常綠喬木，葉對生、革質、橢圓形，長四至六公分。蒴果呈扁球形，脫離母株後，一面隨波飄流，一面自行發芽成長，待飄至有泥土之水濱，落地生根，長成新株。