由於腸病毒型別很多，無法得過一次就終身免疫，而且目前並沒有疫苗可以預防（小兒麻痺除外），又可經口、飛沫及接觸等途徑傳染，控制不易，故民眾應注意下列預防方法：
一、高危險群：三歲以下小孩要特別小心，有較高比率得到腦炎、類小兒麻痺症候群或肺水腫。
二、增強個人之免疫力：注意營養、均衡飲食、適當運動及充足睡眠。
三、加強個人衛生：正確且勤加洗手，以預防自身感染，及避免藉由接觸傳染給嬰幼兒。
四、注意環境衛生：保持環境清潔及通風。
五、避免接觸受感染者：避免出入過度擁擠之公共場所，不要與病患（家人或同學）接觸。
六、如有疑似腸病毒感染症狀請儘速就醫。
七、家中有病患時應注意：
（一）小心處理病患之排泄物（糞便、口鼻分泌物），且處理完畢應立即洗手。
（二）多補充水分，學童儘量請假在家休息，以避免傳染給同學。
（三）對家中之第二個病患要特別小心，其所接受的病毒量往往較高，嚴重程度可能提高。
（四）有下列情況需立刻就醫：
1.有嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力應即早就醫，一般神經併發症是在發疹二至四天後出現。
2.肌抽躍（類似受到驚嚇的突發性全身肌肉收縮動作）。
3.持續嘔吐。
4.持續發燒、活動力降低、煩躁不安、意識變化、昏迷、頸部僵硬、肢體麻痺、抽搐、呼吸急促、全身無力、心跳加快或心律不整等。
5.患者應避免與孕婦、新生兒及小孩接觸。